制药工程专业是根据泉州区域生物医药产业发展对人才需求，在我院应用化学（药物合成）专业基础上创办的，自2015年开始招生。本专业建有200m²的设备齐全的制药工程专业与药物分析等教学实验室；并建有160m²的仿GMP车间的颗粒、片剂、胶囊、软膏、滴丸等剂型生产线的药物制剂实训中心。此外，与福建太平洋制药有限公司、泉州恒达制药有限公司、福建省泉州罗裳山制药厂等制药企业紧密联系，建立了专业实践基地。

本专业现有专任教师8名，均具有博士学位，其中1名教授，6名副教授，从企业聘任兼职教师4人，形成了合理的教学团队。近三年，专任教师获批省部和市级项目10项，授权专利2项；同时注重科研反哺教育，引导并吸收学生参与药学相关的科学课题研究，相关专业学生承担国家级和省级大学生创新创业计划项目共9项，充分培养了学生创新与科研能力。